故事背景：乔治、格莱恩，18岁就的到MIT博士学位、美式橄榄球明星、空军王牌飞行员，当然他在航天工程学上也有卓越表现，他在乘坐他自己设计的宇宙船开始单程7年的木星探测旅程时，向全世界发表了一段话“我现在公开我的秘密，我并非人类自然诞生的结果，我是个在受精卵阶段接受了人为遗传因子操作而诞生的人，我现在就将这些详细的技术传至全世界的网络，真切希望能随我而来。”留下这句话，他的船走了……地球只留下他传出的技术与混乱，随着时间的前进，人类中形成一群特殊的人群“COORDINATOR（新人类或基因改造人）”，然而14年后，他又带来了另一次冲击“在宇宙中，我们的研究卫星会把资源、技术各种各样带来的恩情传回给地球。”然而他给这个充满不同的世界带来怎样的不同，等他亲身体会到时已为时已晚了，世界上大部分人（自然人）对COORDINATOR充满敌意，而他本人也因此而被杀害。为次，大部分的COORDINATOR被赶到了宇宙中，并且地球人为了满足自己的利益和欲望，不断约束利用COORDINATOR。为了自身利益的维护，宇宙中的COORDINATOR联合起来形成了Z.A.F.T，并于C.E 70年2月11号正式向地球联邦宣战。就在宣战后的3天，2月14号地球军向一颗殖民卫星发射一颗核弹并摧毁了这颗卫星。这就是“鲜血之情人节”.而作为对核攻击的报复行动，Z.A.F.T进行散布、布设中子干扰（抑制所有核分裂），对地球的经济和能源问题造成沉重打击，同时带来的电波混乱也会给生活带来极大的冲击。因此,在核引擎和核武器不复存在的战场上Z.A.F.T的MOBILE SUIT（机动战士）拥有绝对的优势。对此地球联邦也开始研发自己的机动战士（GUNDAM）。随着战争进入胶着状态，地球的新机型是在中立国奥布的资源卫星中开发成功，而Z.A.F.T也盯上了这些机器，派出克尔泽为队长的抢夺部队。在5台GUNDAM中4台已经到手的情况下，一名学生却为了保护自己的同学登上最后1台GUNDAM，开始踏上自己的战争之路…………